Målbeskrivelse
Kursets formål er at give de studerende en teoretisk og praktisk introduktion til nogle af de modellerings- og visualiseringsteknikker, som anvendes i moderne biofysik, biokemi og i forbindelse med rationelt drug design.
Fagligt indhold
Der anvendes en molekylær mekanisk beskrivelse af molekylerne, og parametriseringen af forskellige kraftfelter (force fields) diskuteres for brug ved småmolekyle henholdsvis makromolekyle modelleringsstudier. Teknikker til energiminimering og konformationsanalyser behandles. Monte Carlo simulering, molekyldynamisk simulering og molekylær docking diskuteres, og deres anvendelser inden for studier af enzym/receptor reaktivitet og drug design omtales.
Lærebøger
Anddrew R. Leach "Molecular Modelling. Principles and Applications". 2nd Ed. Prentice Hall, 2001.
Graham L. Patrick "An Introduction to Medicinal Chemistry". 2nd Ed. Oxford University Press, 2001.
Supplerende noter.
Forudsætninger
Kurset forudsætter Kemi 21.
Undervisningsform
4 timers forelæsninger/øvelser pr. uge. Øvelserne foregår i IT-laboratoriet med anvendelse af forskellige "molecular modelling" software-programpakker. Øvelserne tilrettelægges i nær tilknytning til den gennemgående teori. Der afleveres rapporter over øvelserne, og kurset afsluttes med en projektopgave.
Eksamensform
Bestået/ikke bestået på baggrund af aktiv deltagelse og skriftlige rapporter/opgaver, samt en afsluttende mundtlig samtale om projektet.
Bemanding
Birgit Schiøtt.
Belastning
5 ECTS.
Varighed
Kurset udbydes i efterårssemesteret.
Bemærkninger
Kurset er obligatorisk for studerende på medicinalkemilinjen, men er åbent for studerende på alle andre kemilinjer.