Mikrobiel fysiologi og fylogeni
A-modul, Forår, 3 point, 15 ECTS Målsætning At give de studerende videregående praktisk erfaring med metoder til isolering, dyrkning og identifikation af bakterier v.h.a. fysiologiske og molekylære metoder.
Indhold Isolering af bakterier fra forskellige økosystemer. Identifikation af bakterier v.h.a. fysiologiske og molekylærbiologiske metoder og anvendelse af mikroskoper. Den fysiologiske karakterisering vil inkludere brugen af forskellige kommercielle testkits (API 20E og 20NE, APIZYM), biokemiske farveteknikker og andre metoder til fænotypebestemmelse.
Den molekylære identifikation består af DNA ekstraktion. PCR amplifikation of ribosomale gener, automatiseret sekventering og fylogenetisk analyse af sekvensdata.
Praktisk øvelse (5 x 5 timer) med dyrkning af bakteriestamme i en moderne pilot-skala gæringstank (14 liter) m.h.p. bestemmelse af vækstkinetiske parametre og optimering af enzymaktiviteter. Computerprogrammer vil blive inddraget i undervisningen til simulation af mikrobielle processer og fylogenetisk analyse.
Kurset er meget praktisk betonet. Der lægges op til, at deltagerne selv udarbejder isoleringsstrategi og fremstiller hovedparten af de vækstmedier og analysereagenser, der anvendes under øvelserne.
Form og omfang I alt 104 timers øvelser (med integrerede forelæsninger)fordelt over 11 uger.
1 ekskursion.
Obligatorisk program Øvelserne.
Lærebøger Originallitteratur samt udleverede noter.
Lærere Kjeld Ingvorsen, Niels Birger Ramsing, Kai Finster
Eksamen Skriftlig rapport, som forsvares mundtligt og bedømmes efter 13-skalaen med ekstern censor.