Det afsluttende studium, specialestudiet, er normeret til 1 år. Det foregår under et af de biologiske institutter og med en (evt. flere) af instituttets medarbejdere som vejleder(e). Instituttet er ansvarlig for den vejledning, der ydes. Der kan efter nærmere aftale medvirke udefra kommende vejledere, eller specialestudiet kan helt eller delvist foregå ved andre institutter ved Aarhus Universitet eller ved andre naturvidenskabelige institutioner, som f.eks. de øvrige universiteter, Naturhistorisk Museum (incl. Molslaboratoriet), Danmarks Miljøundersøgelser, Danmarks Fiskeri- og Havundersøgelser etc. I sådanne tilfælde kan den udefra kommende vejleder efter nærmere aftale medvirke ved eksamination og evaluering sammen med den vejleder, som er tilknyttet instituttet. På grund af ligheden mellem biologiuddannelserne på Aarhus og Københavns Universitet er den en særlig ordning, så studerende kan vælge helt og holdent at lave speciale på det andet universitet uden behov for intern vejleder på hjemuniversitet.
Det tilrådes stærkt, at den studerende så tidligt som muligt efter bestået 1.del tager direkte kontakt med mulige speciale vejledere med henblik på vejledning ved valg af fag, så der opnås en kombination, som er hensigtsmæssig for gennemførelsen af det påtænkte speciale. I visse tilfælde kan det kræves, at bestemte fag skal tages for at gennemføre et bestemt speciale. Visse institutter eller afdelinger under institutter har en formaliseret procedure for indskrivning som specialestuderende. Uanset hvilken form der vælges, skal specialeafhandlingen indeholde et engelsksproget resumé.
Specialestudiet kan foregå på to måder:
1. Den studerende gennemfører et forskningsprojekt og udarbejder en rapport om dette arbejde. Projektet kan være rent teoretisk eller en kombination af litteraturstudium og et felt- og/eller laboratoriearbejde. Rapporten afleveres til bedømmelse efter nærmere aftale. En offentliggjort afhandling eller et manuskript til en sådan kan efter nærmere aftale træde i stedet for rapporten.
2. Den studerende gennemfører et litteraturstudium inden for et nærmere afgrænset emne. Det afsluttes med, at en stillet opgave besvares i løbet af 4 eller 6 uger efter nærmere aftale.
Oplysninger om mulighederne for specialestudium kan fås ved henvendelse til de enkelte institutters faglærere eller til studienævnet og studievejlederne. Orienteringsmøder om specialevalg afholdes af institutterne.
I det følgende omtales mulighederne for specialestudium ved Biologisk Institut og Institut for Molekylær og Strukturel Biologi.